根据《知识产权海关保护条例》的规定，海关对知识产权的保护应当遵循以下程序：

一、知识产权备案 

    根据《条例》第六条的规定，知识产权权利人要求海关对其知识产权实施保护的，应当将其知识产权向海关总署备案。所以，海关实施保护以知识产权备案为前提。

二、扣留侵权嫌疑货物

    知识产权备案经海关总署核准后，口岸海关对发现的进出口侵权嫌疑货物，可以主动或者根据知识产权权利人的申请予以扣留。

三、海关调查

    海关对被扣留的侵权嫌疑货物应当进行调查。但是，侵权争议的当事人将侵权争议提交知识产权主管部门处理或者向人民法院起诉的除外。

四、海关行政处罚

    对被确定为侵权的货物，由海关予以没收。对进出口侵权货物的收发货人，海关将依法予以处罚。